建立药学院是推进高水平建设应用型大学部署，顺应学校“十四五”规划方案中提出的多学科发展需求，优化师资和科研资源布局，主动服务区域发展战略，助力区域经济社会发展的重要举措，同时也是优化台州高等教育资源布局，提升台州高等教育水平，推动高等教育高质量发展的实践，是引领、助力台州医药行业转型发展，培养高素质、极具创新精神和就业竞争力的应用型人才，是建设高水平研究型+应用型学院的探索。

药学院目前有教职工55人，其中教授6人，副教授7人，青年教师（均具有博士学位）30人。药学院由新模式创建（即由N个PI负责下的科研团队+教学组织的模式组成），现有以“全国优秀教师”“国家高层次人才特殊支持计划领军人才”“教育部新世纪优秀人才”等国家级人才为学科带头人的7个高水平研究团队（PI团队）。

药学院下设三系（生物制药学系、药物化学系、药剂学系）、一中心（新药研发工程中心）和一所（海洋药物研究所）。生物制药本科专业于2019年开始招生，药学本科专业于2023年开始招生，目前在校学生406名。当前，正积极申请药学硕士专业学位授权点。药学院即将成立理事会、学术委员会、学位委员会和教学指导委员会，实行学术委员会领导下的院长负责制。